Οι ντομάτες ανήκουν στις όξινες τροφές. Περιέχουν μηλικό και κιτρικό οξύ, τα οποία αυξάνουν την παραγωγή γαστρικών υγρών. Όταν... το στομάχι παράγει υπερβολικό οξύ, αυτό μπορεί να παλινδρομήσει προς τον οισοφάγο, προκαλώντας καούρες και ενοχλήσεις, κυρίως κατά τη διάρκεια του ύπνου. Η κατανάλωσή τους συνιστάται να αποφεύγεται ιδιαίτερα από άτομα που εμφανίζουν γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση ή είναι σε περίοδο εγκυμοσύνης. Το ίδιο ισχύει για κάθε μορφή τους δηλαδή φρέσκες, μαγειρεμένες ή σε σάλτσα. Η υπερβολική οξύτητα μπορεί επίσης να επιδεινώσει γαστρεντερικά προβλήματα, προκαλώντας οξεία στομαχική ενόχληση. Οι ειδικοί συστήνουν οι ντομάτες να καταναλώνονται νωρίτερα μέσα στην ημέρα και να συνοδεύονται από πιο ουδέτερες τροφές που μειώνουν την οξύτητα.