Τα χρήματα που ενθυλάκωσαν όσοι εμπλέκονται στο σκάνδαλο του ΟΠΕΚΕΠΕ τα στερήθηκαν οι (πολλοί) αγρότες που έκαναν με διαφάνεια τη δουλειά τους. Υπουργικές αποφάσεις και υπηρεσιακά έγγραφα, που πηγαινοέρχονταν μεταξύ ΟΠΕΚΕΠΕ και υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης επί σειράν ετών, δημιούργησαν τις συνθήκες για να αναπτυχθεί και να επεκταθεί το κύκλωμα που εισέπραττε παράνομα επιδοτήσεις. Σοβαρά ερωτήματα εγείρονται επίσης και για τον ρόλο συγκεκριμένων ΚΥΔ (Κέντρων Υποδοχής Δηλώσεων) αγροτών και τη συμβολή τους στο σκάνδαλο καθώς και των Διευθύνσεων Κτηνιατρικής, που... έχασαν το μέτρημα των ζώων ιδίως στην Κρήτη.