Η Λαμία δεν πλήρωσε το παράβολο συμμετοχής στο πρωτάθλημα και κατά συνέπεια δεν θα αγωνιστεί στη Super League 2 της νέας περιόδου, οδεύοντας προς τη Γ΄ Εθνική. Η ομάδα της Φθιώτιδας απέστειλε και δήλωση στα μέλη του συνεταιρισμού ότι δεν θα συμμετάσχει. Η νέα διοργάνωση θα διεξαχθεί με 20 ομάδες χωρισμένες σε δύο ομίλους, αφού τόσο τα Χανιά όσο και ο ΠΑΣ Γιάννινα δήλωσαν εν τέλει συμμετοχή. Ωστόσο, στην περίπτωση της ομάδας από την Κρήτη θα πρέπει να τοποθετηθεί ένας αστερίσκος, αφού όπως ειπώθηκε από τον πρόεδρό της, Αντώνη Ροκάκη, αν δεν βρεθεί λύση στο ιδιοκτησιακό καθεστώς δεν θα λάβει μέρος στη διοργάνωση. Οι όμιλοι της αγωνιστικής περιόδου 2025-26: ΒΟΡΕΙΟΣ ΟΜΙΛΟΣ: Ηρακλής, Καμπανιακός, Μακεδονικός, Νίκη Βόλου, Καβάλα, ΠΑΣ Γιάννινα, Αναγέννηση Καρδίτσας, Νέστος Χρυσούπολης, ΠΑΟΚ Β, Αστέρας Τρίπολης Β. ΝΟΤΙΟΣ ΟΜΙΛΟΣ: Καλλιθέα, Αιγάλεω, Καλαμάτα, Ελλάς Σύρου, Ηλιούπολη, Χανιά, Παναργειακός, Μαρκό, Πανιώνιος, Ολυμπιακός Β.